На страницу второго семестра

PSI-BLAST

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

  Кол-во E-value лучшей находки Название лучшей находки (ID ) % идентичности Длина выравнивания
Всего находок 117 5e-82 LGB2_LUPLU 100 154
В бактериях (Bacteria) 36 1e-06 HMP_RHIME 29 117
В Escherichia coli K-12 - - - - -
В животных (Metazoa) 26 2e-06 NGB_BRARE 25 141
В человеке 3 5,8 CRNL1_HUMAN 28 78

Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST

Номер итерации
Бактерии
Животные
Характеристика лучшей находки среди белков
Escherichia coli, K-12
Homo sapiens sapiens
Кол-во
Новые
Кол-во
Новые
Название
E-value
% идентичности
Длина выравнивания
Название
E-value
% идентичности
Длина выравнивания
1
 21 + 5 + - - - - CRNL1_HUMAN 5.8 28% 78
2
 38 + 332 + HMP_ECO57 1e-29 20% 148 NGB_HUMAN 2e-19 21% 143
3
 38 - 878 + HMP_ECO57 7e-28 20% 148 HBG_HUMAN 4e-45 18% 150
4
 38 - 884 + HMP_ECO57 7e-28 20% 148 HBG1_HUMAN 3e-53 17% 154
5
 38 - 884 - HMP_ECO57 7e-28 20% 148 HBG1_HUMAN 3e-53 17% 154
  1. PSI-BLAST используют для получения списков белков, со схожими фрагментами последовательностей, и используют эти данные для определения их гомологичности. PSI-Blast, таким образом, дает возможность найти эволюционно более далекие гомологи белка.
  2. Первая итерация - это просто BLAST.
  3. После выполнения 4 итераций находится много далеких гомологов белка LGB1_LUPLU, которые не нашлись бы с помощью BLAST.
  4. "Лучшие находки" менялись с выполнением итераций. Это значит, что PSI-BLAST изменял или добавлял новые критерии для лучшей находки, а также насколько белок является гомологом.
    ©Babskaya Evgeniya, 2005